用户在长时间使用超低温冰箱后，需要注意各个部件的维护工作，特别是管壳式冷凝器的水垢问题，如果不及时解决，这些水垢会影响低温冰箱的散热问题，因此超低温冰箱的管壳式冷凝器很快就会去除水垢。低温冰箱超低温的冷凝器一旦有了水垢的话，导热阻力就会不断变大，导致传热系数值不断减少，从而使得制冷效果越来越差，所以，一旦冷凝器发现有水垢，一定要及时检查除去水垢。 超低温冰箱冷凝器除垢一般有机械除垢、化学酸洗除垢和电子磁化水除垢三种方法。低温冰箱机械除垢是一种用软轴清洗器除垢冷却管冷凝器的方法，特别适用于管壳式冷凝器。具体操作是，首先排出冷凝器的制冷剂，然后关闭与冷凝器和制冷系统连接的所有阀，使冷凝器的冷却水正常供给，然后用与软轴清洗管连接的伞型齿轮状刮板从上向下旋转，清除冷凝器的立管内的污垢低温冰箱的管壳式冷凝器在清洗时需要注意不要损伤管壁，也不要导致低温冰箱的故障。
其次是化学酸洗去污法。用配制的弱酸性去污剂清洗低温冰箱的冷凝器，降低水垢，提高冷凝器的传热效率。首先在酸洗槽内调制去污溶液，启动酸洗泵，使去污剂溶液在冷凝器冷却管中循环流动24小时后，通常24小时后基本除去水垢，然后停止酸洗泵的工作，用圆形钢刷往返于冷却管的管壁内进行刷洗。用清水清洗污垢、锈迹，反复清洗直到残留在气管内的去污剂溶液变干净。化学酸洗去污方法适用于卧式管壳式冷凝器。
低温冰箱超低温如何清除管壳式冷凝器水垢除了上述的2中方法，还有电子磁水除垢法，将流经冷凝器的冷却水中的钙、镁和其它盐类在常温下以正负离子状态溶解于水中，能够有效地防止新水垢的产生，而且还能清除原有的水垢，同时由于冷凝器中的钢管与水垢的膨胀系数不同，使原有水垢逐渐发生龟裂，磁化水又不间断地侵入其裂缝中，破坏了原有水垢的粘着力，使之逐渐疏松而自行脱落并不断地被循环冷却水带走。
